Balai Pemantapan Kawasan Hutan Wilayah XII Tanjungpinang merupakan pemekaran dari Balai Pemantapan Kawasan Hutan Wilayah I Medan.
Pada tahun 2007, diterbitkan Peraturan Menteri Kehutanan Nomor: P.25/Menhut-II/2007 tentang perubahan atas Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: 6188/Kpts-II/2002 mengenai organisasi dan tata kerja Balai Pemantapan Kawasan Hutan. Perubahan ini didasarkan pada peningkatan kinerja dalam pemantapan kawasan hutan dan sistem informasi sumber daya hutan.
Sejak itu, terbentuklah BPKH Wilayah XII Tanjungpinang dengan wilayah kerja mencakup Provinsi Kepulauan Riau dan Provinsi Riau.
Namun, pada tahun 2013, berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan P.16/Menhut-II/2013, dibentuk BPKH XIX Pekanbaru untuk wilayah Provinsi Riau. Sehingga saat ini, wilayah kerja BPKH XII Tanjungpinang hanya mencakup Provinsi Kepulauan Riau.
Berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor 3 Tahun 2025, BPKH Wilayah XII merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang pemantapan kawasan hutan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Planologi Kehutanan.